Vakıf Muhasebe Müdürlüğü; Mütevelli Heyet ve İcra Kurulunca alınan harcama ve yardım kararlarını, ilgili birimler vasıtasıyla vakıf ve mali mevzuat çerçevesinde yerine getirir, değişik kalemlerden oluşan Vakıf gelirlerini tahsil eder. Vakfın yurt çapında faaliyet gösteren 950 şubesine, muhasebe uygulamaları ve mali mevzuat değişikliklerinin bildirilmesinde rehberlik yapmakta, il ve ilçe şubelerimizde hizmet veren Vakıf elemanlarının bilgi ve becerilerinin gelişmesine yardımcı olmaktadır. Vakfa Bakanlar Kurulunca vergi muafiyeti tanınmış olması sebebiyle; yıl içinde elde edilen gelirlerin 1/3'ünü yönetim ve idame giderleri ile ihtiyata ve Vakfın mal varlığını artırıcı yatırımlara, kalan 2/3'ünü ise başta Diyanet İşleri Başkanlığı hizmetlerini destekleme olmak üzere, Vakıf Senedinde belirtilen amaçlara sarf edilmesi gerektiğinden, yıllık bütçeyi bu esaslara göre hazırlar.